[استعراض] جديد مؤخرا جي وون، أنتجت الطبيعة 5 تشانغ Xinguan الرسم البياني فيروس التصور، وعرض مرئي للاتجاهات الوباء، أصدر الباحثون سرعة وثيقة. أستاذ الكهربائية الغربي لى يان ني بينغ الباحث وأستاذ جامعة بكين نشرت بالاشتراك دراسة حول تشابه في العهد الجديد كله تسلسل الجينات الفيروسية، التي تشمل 21 دولة و 377 COVID 19 كل المصاحب تسلسل الجين فيروس الفيروس من مزيد من التتبع .
في الآونة الأخيرة، أنتجت الطبيعة خمسة الرسم البياني على هذا من تفشي الفيروس الجديد من التاج، بطريقة بديهية جدا كما أكدت أننا الاتجاهات الحالية حالات الفيروس، مقارنة القيمة R0، وسرعة من الباحثين نشرت الدراسة، والقيود المفروضة على سفر انبعاثات الكربون والآثار على نوعية الهواء، والأوبئة مثل السارس عام 2003، ومقارنة.
طبيعة التصور الرسم البياني: عهد جديد السارس فيروس والجدول الزمني المقابل، الصينية حقا سرعة
حاليا، هناك أكثر من 24 مليون شخص في جميع أنحاء العالم الذين أصيبوا بعدوى الالتهاب الرئوي العهد الجديد، تشخيص خارج الصين لديها اكثر من حالة مؤكدة من الأراضي. يظهر الرسم البياني الأولى وأكدت الاتجاهات في الصين وغيرها من البلدان الحالات بعد منتصف فبراير عدد من التباطؤ أكد في الصين، وزيادة بلدان أخرى بدأت بشكل حاد في مارس اذار.
تظهر الخريطة الثانية 19 COVID القيم R0 مقارنة مع غيرها من الأمراض والوفيات . حاليا تشير تقديرات الوفيات COVID-19 أن معدل الوفيات أقل من العهد الجديد مسببات الأمراض فيروس الوباء أخرى، مثل السارس، MERS والايبولا. ولكن هذا المرض يبدو أن انتشار بسهولة أكبر من غيرها من الإنفلونزا الموسمية وغيرها من الأمراض. تاج الفيروس الجديد من عدد التناسلي قيمة R0 الأساسية لحوالي 2 إلى 2.5.
يبين الشكل الثالث السفر لحد من تأثير على انبعاثات الكربون ونوعية الهواء . جهود الصين للسيطرة على الوباء ويبدو أن استهلاك الطاقة في تقييد وتلوث الهواء. وتظهر بيانات الأقمار الصناعية التي جمعتها وكالة ناسا ووكالة الفضاء الأوروبية أن الجو بلد ثاني أكسيد النيتروجين (NO2، احتراق الوقود الأحفوري يتم إنشاء في العملية) محتوى انخفاضا حادا. ويشير التحليل الأولي، والتلوث NO2 مما كان عليه في السنوات السابقة بعد رأس السنة القمرية الجديدة بنسبة 10-30 خلال نفس الفترة.
خريطة الرابعة ولي العهد الجديد فيروس السارس والجدول الزمني النقيض . واستمر وباء السارس لمدة ثلاثة أشهر قبل أن يتم التعرف على المرض واضح. ثم، في الأشهر ما يقرب من العامين المقبلين، لا تزال تبحث عن مسببات الأمراض: الفيروس نفسه وتحديد تسلسل الجينوم بشكل رئيسي من الباحثين خارج الصين.
في المقابل، بعد COVID-19 أول حالات معروفة وقعت ثلاثة أسابيع قد أبلغت الصين منظمة الصحة العالمية، كان هناك زيادة مماثلة من حالات الالتهاب الرئوي. بعد أسبوعين، تم عزل الفيروس التاجى، نفذت التسلسل الجيني، ووضع الاختبار التشخيصي، توفر الأدوات اللازمة للصين، وأطلقت أكبر شركة في العالم من أي وقت مضى عمل واحد للحد من الأمراض المعدية .
يظهر الصورة الأخيرة البحث الجديد المتعلقة بفيروس تاج على مر الزمن . اندلاع تشجيع البحوث واسعة النطاق في الفيروسات والأمراض الجديدة الناجمة عن تاج. اعتبارا من 12 مارس التاج ورقة على الفيروس الجديد والمسودات والتقارير الأولية حوالي 900.
التالي ونحن لن نشارك بحث جديد عن فيروس العهد الجديد.
كامل تسلسل الجينوم 377 في 21 بلدا، تحقيق التشابه والعلاقة التطورية بين فيروس COVID-19
شيان جامعة العلوم الالكترونية والتكنولوجيا، الأستاذ في جامعة بكين لى يان ني آخرون نشرت وأستاذ بينغ ورقة بحثية على التشابه في العهد الجديد الفيروسي تسلسل الجينوم بأكمله، بعنوان "أوجه التشابه والتطوري علاقات COVID-19 والفيروسات ذات" (COVID-19 وتشابه الفيروس ذات الصلة وعلاقتها التطورية).
عنوان ورقة: الشبكي: //arxiv.org/pdf/2003.05580.pdf
حسبت الباحثون من 377 COVID 19 تسلسل الجينوم كاملة من الفيروسات تاج والفيروسات ذات الصلة جديدة التشابه والعلاقات التطورية للتحليل، وبعض من النتائج المحتملة مثيرة للاهتمام قد يكون الخبراء المختصين في هذا المجال لمعرفة مصدر الفيروس وفعال الكواشف كشف واللقاحات والبحوث المخدرات العلاجي والتنمية ومساعدة أخرى. التفسير التالي من هذا البحث للجميع.
خلاصة القول:
جمعنا 377 علنا COVID 19 الفيروس المعروف سابقا أربعة أنواع من الإنفلونزا سببه الفيروس التاجى HCov-229E، HCov-OC43، HCov-NL63 وHCov-HKU1 والمسببة للأمراض القاتلة فيروس P3 / P4: السارس، MERS، فيكتوريا، لاسا، ياماغاتا، والإيبولا وحمى الضنك تسلسل الجينوم.
المؤلفون استخدامها وضعت حديثا أدوات تحليل تسلسل البيانات الكبيرة I-MLCS، وأنظمة التجميع التقليدية وMEGA 6.0 لCOVID 19 متواليات الفيروسية من 21 دولة مختلفة، والعلاقات COVID 19 حسبت فيروس يرتبط تطور الفيروس والتشابه وتحليلها.
الشكل 1. مصادر البيانات وأخذ العينات الوقت / التسلسل.
متوسط التشابه بين جدول تسلسل الفيروسية COVID-191. الشهر مختلفة
وأظهر تحليل تشابه ذلك، في اثنين Rhinolophus COVID 19 باعتبارها الدولة المضيفة للفيروس (TG13 وRaTG13) لCOVID 19 فيروس والمضيف البشري لديه درجة عالية من التشابه، ولكن البنغول كمضيف للفيروس ومتوسط التشابه المضيف فيروس البشري أعلى . أظهر التحليل أن العلاقات التطورية: من 5 دول التسلسل حوالي 13 COVID 19 الفيروس المرجح ان تكون مرتبطة مع الجيل الأول COVID 19 فيروس وأصله، أو قد تؤدي الباحثون للعثور على أصل الفيروس .
كشف البروفيسور ليو بينغ أيضا أنها أجرت الاختبارات الإحصائية التشابه في الجدول 1، فقد وجد شهدت فيروس تحور ذات دلالة إحصائية هامة في الأشهر الأربعة الماضية وهذا يجعل الأمر أكثر صعوبة لتطوير لقاحات أفضل.
مقدمة:
منذ ديسمبر 2019، شديدة اندلاع الالتهاب الرئوي من فيروس جديد-COVID 19 تاج الناجمة عن الانتشار السريع من ووهان الى البلاد، وفقا لصحيفة تشاينا CDC (المركز الصيني للسيطرة على الأمراض) تقارير: اعتبارا من رقم 2020/3/8، الصين لديها مرضى ما مجموعه 80868 شخصا شخصت 3101 نسمة، مجموع الوفيات، هو أكثر خطورة أن التفشي الحالي للوباء انتشر في أكثر من 100 بلدا أو منطقة. لذلك، ومراقبة فعالة وللحد من تفشي عهد جديد COVID 19 فيروس، وعلاج المصابين المرضى، من اندلاع جلب خسائر اقتصادية ضخمة هي معظم القضايا الملحة والهامة التي تواجه العالم اليوم.
هذه الورقة تقريرا عن حساب وتحليل التشابه والعلاقات التطورية بين تسلسل تسلسل الجينات فيروس الأخرى ذات الصلة من التاج كله الفيروس الجديد COVID-19 (المشار إليها فيما يلي باسم تسلسل) نفسها، وCOVID 19 متواليات الفيروسية.
منذ عهد جديد COVID 19 الفيروس هو فيروس جديد، بدأ بحوثه فقط. يختلف من البحوث القائمة، وهذا العمل هو البحث الحوسبة جديد نسبيا على الفيروس على نطاق واسع COVID-19 تاج والجينات كامل تسلسل المرتبطة الفيروس، شملت ما مجموعه 377 الفيروسات COVID-19 وما يتصل بها من 21 دولة للمجلس بكامل هيئته تسلسل الجينات. الأهم من ذلك، أولا كان الكتاب التسلسل الجيني الكامل لهذا الفيروس 377 التشابه والتماثل / تحليل النشوء والتطور. كما ستعرض هذه الورقة، وهذا حساب عمق هائل COVID-19 والتسلسل الجيني الكامل للفيروس المرتبطة الحفر تكشف COVID-19 وبعض من العلاقة الهامة بين فيروس المرتبطة الاكتشاف.
في هذا العمل ورقة، على تسلسل الجينوم كاملة جمعت متاحة للجمهور 215 COVID-19 (بما في ذلك: الإنسان المضيف تسلسل 194، المضيف هو Rhinolophus 13 تسلسل، والمضيف هو البنغول ستة متواليات، والبيئة المضيفة لتسلسل اثنين)، هناك أربعة انفلونزا الكورونا HCov-229E ( 3)، HCov-OC43 (78 عشر)، HCov-NL63 (16 عشر) وHCov-HKU1 (4 عشر)، وسبعة أنواع من أنواع سبعة من الشديدة الإمراض الفتاكة فيروس P3 / P4، السارس (ال 11)، MERS (11)، فيكتوريا (5 عشر)، لاسا (6 عشر)، ياماغاتا (الموافق 5)، والإيبولا (11) وحمى الضنك (12 عشر)، وتسلسل أعلاه إجمالي 377 . هنا، وفيما يلي تسلسل البيانات من قاعدة البيانات: بنك الجينات أو NCBI (المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية)، GISAID (المبادرة العالمية بشأن مشاركة جميع البيانات الأنفلونزا)، CDC (مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها) وما شابه ذلك، متوسط طول سلسلة من حوالي 30000 .
منذ التسبب في الفيروسية COVID 19 الالتهاب الرئوي العهد الجديد، الكشف عن الفيروسات والبحوث وتطوير اللقاحات والعقاقير العلاجية، وما إلى ذلك، إلى حد كبير يعتمد على تحليل اتخاذ COVID 19 تسلسل الجينوم كاملة، لذلك، سوف تدرس على أنها بيولوجية، مجال الخبراء الطبيين والمتعلقة بالصحة، وبأثر رجعي COVID 19 أصل الفيروس، مسير الانتشار وتطوير الكواشف كشف فعالة واللقاحات والعقاقير العلاجية، فضلا عن فعال لحد من مكافحة الأوبئة وتوفير قيمة الدعم المعلومات / البيانات صنع القرار. ومن الجدير بالذكر أن هذا العمل COVID-19 هي على نطاق واسع الحوسبة والتعدين كامل تسلسل الجينوم وتسلسل ذات الصلة للفيروس، ونحن ليس لغرض الحصول على مجموعة واسعة من التفسير البيولوجي، باستثناء بعض الحد الأدنى، ولكن من المقترح كبيرة حساب محاذاة تسلسل البيانات، يمكن حفرها التحليل مع معلومات قيمة.
2. FIG أربعة أنواع من فيروس الإنفلونزا، ومتوسط التشابه بين التاجى COVID-19 في المضيف البشري.
FIG 3. COVID-19 و 7 المسببة للأمراض القاتلة P3 / P4 متوسط التشابه بين متواليات الفيروسية.
4. FIG المضيفين مختلفة COVID 19 متوسط التشابه بين متواليات الفيروسية.
عمل اكتشاف الأساسية (جميع التحليلات فقط استخدام تسلسل الجينوم الكامل):
1. من خلال الأشهر الأربعة الماضية في الإنسان 194 مضيف niikappu COVID 19 فيروس تحليل كامل تسلسل الجينوم تشابه جمعها (2019.12 ~ 2020،3) وأظهرت النتائج ما يلي: بين متواليات بمتوسط يصل إلى 99.8 تشابه ، مثلي / التطوري العلاقة MEGA 6.0 لتحليلهم أظهر: من بلدان مختلفة من الفيروس الجديد قد حدث على درجة معينة من التباين-COVID 19 تاج .
2. COVID-19 أربعة التاجى الإنفلونزا المعروفة (HCov-229E، HCov-OC43، HCov-NL63 وHCov-HKU1) التشابه بين 55.6 ~ 56.1، فإنه يظهر: الفيروس الجديد COVID-19 تاج بالانفلونزا أربعة التاجى يعرف مختلفة .
3. الإنسان في استضافة الفيروسات الجديدة COVID-19 تاج مع P3 شديدة العدوى والقاتل / الفيروسات P4 مثل السارس وMERS أكثر، مع متوسط بلغ التشابه السارس 82.6، وذكرت نتائج MEGA 6.0: COVID-19 ومثلي السارس .
4. المضيف الإنسان الجديد في تاج 19 تسلسل COVID الفيروسية والمضيف هو البنغول COVID 19 تسلسل التشابه إلى المضيف أعلى من Rhinolophus COVID 19 تسلسل التشابه ، الفرق بين متوسط التشابه من 13 إلى 20. ولكن باستثناء اثنين في مجموعة Rhinolophus COVID 19 متواليات (TG13 وRaTG13)، وسلالة تسلسل TG13 RaTG13 المضيف COVID 19 فيروس الإنسان niikappu تصل 95.9 التشابه.
5. وهناك مجموعة كبيرة من جديد تاج الفيروس البشري COVID 19 تسلسل التشابه مع المضيف للبيئة COVID 19 تسلسل تصل إلى 99.7، وكلا العلاقة المتجانسة .
6. الجديد MEGA فيروس تاج 6.0 دوي المضيف ما مجموعه 194 من 21 دولة من البشر COVID 19 تسلسل تناظر النتائج العلاقات التطورية التي تظهر: 13 متواليات الفيروسية من خمسة بلدان ، وهي: الصين (الصين 7/85)، تايلاند (تايلاند 2/2)، واليابان (اليابان 2/9)، الولايات المتحدة الأمريكية (USA 1/32) وكوريا الجنوبية (كوريا الجنوبية 1/9) على الأرجح ذات الصلة، أو تقودنا للعثور على مصدر للجيل الأول من الفيروسات أو الفيروسات . ومن الجدير بالذكر أنه نظرا لسفر في جميع أنحاء العالم، ونحن يجب أن لا تتجاوز 13 متواليات الفيروسية من خمس دول يجب / قد يكون القصد بلد منشأ الفيروس، فقط تبين أن هذا تسلسل 13 الفيروسية نحن قد بأثر رجعي نظرة إلى أول جيل من الفيروسات أو مصادر الفيروسية توفر ادلة قيمة اللازمة.
الشكل 5. الجيل الأول COVID 19 دولة سلالة، والرقم التسلسلي وتاريخ التسلسل.
FIG اثنين من 6.21 COVID 19 سلالات من 21 دولة الأشجار التطورية (واحد لكل سلالة البلد).
7. FIG 5، FIG 21 COVID-19 شجرة سلالة النشوء والتطور.
الرقم 8.15 أنواع التشابه الفيروسات المصفوفة.
9.15 أنواع الفيروسات FIG مرتبطة ارتباطا كاملا الرسم البياني المرجح وتجميع النتائج.
10. مجموعتي اثنين من فيروس شجرة النشوء والتطور من FIG.
"COVID-19 و تشابهه مع العلاقة التطورية بين الفيروسات ذات الصلة"، مؤلف الدراسة
الدكتور لى يان ني، دكتوراه، أستاذ علوم الحاسوب والتكنولوجيا، والبرمجيات الانضباط الهندسة / ماجستير مدرس. في 1981،2005 و 2013 على التوالي، وبكالوريوس في تطبيقات الحاسب الآلي، جامعة شيان الالكترونية للعلوم والتكنولوجيا، ودرجة الماجستير في هندسة البرمجيات وشهادة الدكتوراه في الهندسة تطبيق تكنولوجيا الكمبيوتر. سبتمبر 2017 إلى 12 شهرا في جامعة إلينوي في شيكاغو بصفته أحد كبار البحوث الباحث الزائر، أبريل 2019 إلى سبتمبر بصفته أحد كبار باحث زائر في دراسة جامعة Nipissing في كندا. في الوقت الحاضر ومجالات البحث الرئيسية: تحليل البيانات الكبيرة، والتعلم الآلي والامثلة متعددة الاهداف وغيرها من النظرية الأساسية وتطبيقها. كما المؤلف الأول لكتابة كتابين، والتي، "C ++ لغة برمجة" من قبل الدولة، "10. الخمس الأولى" المواد التخطيط، مواد ذات جودة أعلى الوطنية العامة. في السنوات الأخيرة، الذي أنجز في مجال الأبحاث المنشورة في SCI / أعلى أوراق المؤتمر المؤلف الأول لأكثر من 20 عاما، وترأس أو كمشروع صورة / المشهد أكثر من 10 أعضاء رئيسيين. كما المشاركون الرئيسيون، وفاز مشروع "نظريات إدارة البيانات المعقدة والتقنيات الأساسية"، وشنشى الإدارة الإقليمية 2019 من تربية والعلوم والتكنولوجيا جائزة التقدم، ومشروع "إدارة البيانات غير المهيكلة والتعدين التكنولوجيا الرئيسية وتطبيق" فاز 2019 مقاطعة شنشى العلوم الطبيعية الجائزة الثانية.
بنج (بنج ليو) هو الآن أستاذ في جامعة بكين (حاليا في إجازة من جامعة إلينوي في شيكاغو (UIC))، وزميل ACM، زميل AAAI وزميل IEEE. الحصول على البحوث درجة الدكتوراه المهنية في مجال الذكاء الاصطناعي من جامعة أدنبرة، بما في ذلك: مدى الحياة آلة التعلم، تحليل المشاعر، واستخراج البيانات، والتعلم الآلي ومعالجة اللغة الطبيعية. في أعلى المؤتمرات الدولية / نشرت المجلات ورقات أكاديمية عديدة، كتابة الدراسات 4، وجوجل الباحث العلمي الاقتباس من 60،000 أو أكثر. ورقتين الحصول KDD تجارب من وقت جائزة، وفاز ورقة جائزة WSDM تجارب من الوقت، فازت ورقة WSDM تكرم جائزة تجارب من الوقت (شرفية). تم الإبلاغ عن أبحاثه الرائدة على نطاق واسع في وسائل الإعلام، بما في ذلك صحيفة نيويورك تايمز مقالة الصفحة الرئيسية. فاز 2018 جائزة الابتكار ACM SIGKDD. في عام 2013 - شغل منصب رئيس ACM SIGKDD عام 2017، وتقلد عددا من الإجراءات رئيس المؤتمر المستوى الأعلى استخراج البيانات، بما في ذلك KDD، ICDM، CIKM، WSDM، SDM وPAKDD. وفي الوقت نفسه كمحرر مساعد على المزيد من رأس المجلات، بما في ذلك TKDE، TWEB، DMKD وTKDD، وعدد وافر من معالجة اللغة الطبيعية، والذكاء الاصطناعي، واستخراج البيانات والمناطق شبكة من رئيس الاجتماع أو عضو بارز في لجنة البرنامج.
