المادة Head عناوين الأكاديمية
في 8 أبريل ، نشر بيتر فورستر وزملاؤه من جامعة كامبريدج مقالًا أكاديميًا بعنوان "تحليل الشبكة الوراثية لسلالات جين سارس - 2" على الإنترنت في "PNAS" ، والتي تسببت في وبعض التأملات والمناقشات حول قنوات الاتصال.
استندت الدراسة إلى قاعدة بيانات GISAID (https://www.gisaid.org/) ، وتم إجراء تحليل شبكة التطور الوراثي على 160 جينومًا ساريًا Cov-2 بشري كامل. بناءً على تغييرات الأحماض الأمينية ، اكتشف الباحثون ثلاثة متغيرات مركزية (تسمى A و B و C).
من بينها ، A هو نوع الأجداد من فيروس التاجي خارج الخفاش ؛ النوع A والنوع C لديهم نسبة عالية خارج شرق آسيا (أي أوروبا والولايات المتحدة) ؛ النوع B هو النوع الأكثر شيوعًا في شرق آسيا ، ويبدو أن جينوم الأجداد موجود في لا ينتشر خارج شرق آسيا دون أن يتحول أولاً إلى نوع B مشتق ، مما يشير إلى أن له "تأثيرات مؤسسية" أو مقاومة مناعية أو بيئية للنوع خارج آسيا.
كتب البروفيسور وانغ فانغ تشونغ والأستاذ زانغ ويوين من مركز أبحاث استراتيجية السلامة الحيوية بجامعة تيانجين ذات مرة "تتبع الفيروسات" "إكسينهوانت" "تتبع الجواب" للوقاية من الأوبئة ومكافحتها "، قائلين: يمكن أن يسمى تعقب الفيروسات جوهر الوقاية من الوباء والغرض من ذلك هو العثور على مصدر انتقال الفيروس ، ومعرفة مسار الانتقال الأولي ، وقانون الطفرات والمخاطر المحتملة للفيروس ، وتوفير أساس علمي مهم للوقاية من الأوبئة ومكافحتها من مصدر الفيروس لمنع حدوث أوبئة مماثلة في المستقبل. 2. يمكن أن يوفر تتبع الفيروسات ضمانًا علميًا لتطوير اللقاح من خلال هذا العمل ، يمكن عزل عدد كبير من سلالات الفيروس ، وهو مورد قيم لتطوير اللقاحات. 3. تعقب الفيروسات هو أفضل سلاح لكسر "نظرية المؤامرة" طالما تم العثور على مصدر الفيروس ، سيتم كسر أي شائعات ذات صلة يتم التفكير فيها عن عمد. 4. تتبع الفيروسات هو أيضًا أفضل تعليم ، وسوف يذكر الناس لحماية الحيوانات البرية ، ورهبة الطبيعة ، واتخاذ طريق التنمية المتناغمة بين الإنسان والطبيعة.
في الوقت الحاضر ، يبذل الباحثون العلميون ذوو الصلة في جميع أنحاء العالم جهودًا متواصلة ويسعون جاهدين بنشاط لتعقب الفيروسات. نشرت الصين التسلسل الكامل للجينوم الجديد للفيروس التاجي في 10 يناير ؛ في 23 يناير ، اقترح معهد ووهان للفيروسات ، الأكاديمية الصينية للعلوم أن الخفافيش قد تكون المضيف الطبيعي لفيروس كورونا الجديد ؛ في 7 فبراير ، أصدرت جامعة جنوب الصين الزراعية ومؤسسات أخرى وثيقة مشتركة ، قائلة أن بانجولين هو مضيف وسيط محتمل للفيروس التاجي الجديد ؛ في 18 فبراير ، نشرت جامعة هونغ كونغ وجامعة قوانغشي الطبية مقالًا مشتركًا ، واعتبرت أيضًا أن البنغولين هو أحد المضيفين المتوسطين المحتملين.
في 20 فبراير ، نشرت حديقة نباتات شيشوانغبانا الاستوائية التابعة للأكاديمية الصينية للعلوم مقالًا على الموقع الرسمي لـ "حديقة النباتات النباتية لتحليل تطور وانتقال الفيروسات التاجية الجديدة بناءً على بيانات الجينوم الكامل". تعاونا مع علماء من جامعة جنوب الصين الزراعية ومركز بكين للدماغ. تم جمع البيانات الجينومية لـ 93 عينة جديدة من فيروسات التاجية من 12 دولة في أربع قارات تم مشاركتها في قاعدة بيانات GISAID المشتركة بين مختلف المجالات في جميع أنحاء العالم (اعتبارًا من 12 فبراير). من خلال تحليل البيانات على مستوى الجينوم ، تتبع مصدر العدوى ومسار الانتشار.
ووجدت الدراسة أن 93 عينة تم تلقيها تحتوي على 58 نمطًا فرديًا ، والتي يمكن تجميعها في خمس مجموعات ، بما في ذلك 3 أنماط عشوائية فائقة التواصل (H1 و H3 و H13) و 2 أنماط جديدة فائقة التواصل (H56 و mv2) ؛ يتم تقديم فيروس التاجي الجديد من سوق المأكولات البحرية في جنوب الصين من أماكن أخرى ، وينتشر بسرعة خارج السوق ؛ وفي الوقت نفسه ، ينتشر الانتشار الحالي للحالات من ثلاث طرق على الأقل. شهد الفيروس التاجي الجديد توسعين هامين في عدد السكان قبل 12 فبراير (8 ديسمبر و 6 يناير على التوالي).
أ ، ب: العلاقة التطورية ونمط التوزيع الجغرافي لـ 58 نمطًا فرديًا من الفيروسات التاجية الجديدة ؛ ج: العلاقة التطورية المحتملة بين الأنماط الفردية ؛ د: الإرسال المحتمل وطرق انتشار الفيروسات التاجية الجديدة. البيانات في الدوائر A و B هي عدد العينات.
ومع ذلك ، لا تزال هذه النتائج صعبة لتشكيل سلسلة أدلة كاملة لتتبع الفيروسات.
أجرى باحثون من جامعة كامبريدج تحليلاً لشبكة التطور الوراثي لـ 160 جينوم سارس - Cov-2 بشري كامل بناءً على قاعدة بيانات GISAID (https://www.gisaid.org/). اعتبارًا من أوائل مارس 2020 ، تحتوي قاعدة بيانات GISAID على 253 جينومًا كاملًا وجزئيًا لـ SARS-CoV-2 المقدمة من الأطباء والباحثين حول العالم منذ ديسمبر 2019.
وبائيات جينوم hCoV-19 في قاعدة بيانات GISAID
وفقًا لتغييرات الأحماض الأمينية ، وجد الباحثون 3 متغيرات مركزية (تسمى أ ، ب ، ج) . من بينها ، A هو نوع الأجداد لفيروس تاجي خارج الخفاش ؛ النوع A والنوع C لديهم نسبة عالية خارج شرق آسيا (أي أوروبا والولايات المتحدة) ؛ النوع B هو النوع الأكثر شيوعًا في شرق آسيا ، ويبدو أن جينوم الأجداد موجود في لا ينتشر خارج شرق آسيا دون أن يتحول أولاً إلى نوع B مشتق ، مما يشير إلى أن له "تأثيرات مؤسسية" أو مقاومة مناعية أو بيئية للنوع خارج آسيا.
هناك مجموعتان فرعيتان من النوع A ، تتميزان بالطفرة المترادفة T29095C. في المجموعة الفرعية T allele ، يحمل 4 صينيين (من مقاطعة قوانغدونغ ، وهي مقاطعة ساحلية في جنوب الصين) الجينوم السلفي ، في حين اختلف 3 مرضى يابانيين ومريضان أمريكيان بسبب بعض الطفرات ؛ تم الإبلاغ عن وجود هؤلاء المرضى الأمريكيين في ووهان عاش في مكان الاشتباه في تفشي المرض. تحتوي المجموعة الفرعية C allele على فروع متحولة طويلة نسبيًا ، بما في ذلك 5 أشخاص من ووهان (يوجد اثنان منهم في العقد السلفية) ، و 8 من شرق آسيا من الصين والدول المجاورة ؛ من الجدير بالذكر أن ال آسيا العنقودية يقع ما يقرب من نصف الأنواع (15/33) خارج شرق آسيا ، بشكل رئيسي في الولايات المتحدة وأستراليا .
بالنسبة للنوع B ، يوجد بشكل أساسي في ووهان (ن = 22) ، وأجزاء أخرى من شرق الصين (ن = 31) ، والدول الآسيوية المجاورة (ن = 21). خارج شرق آسيا ، تم العثور على 10 أنواع من النوع B ، ونوع واحد في المكسيك ، و 4 أنواع في فرنسا ، ونوعين في ألمانيا ، ونوع واحد في إيطاليا وأستراليا في الجينوم الفيروسي للولايات المتحدة وكندا. العقدة B مشتق من النوع A من خلال طفرين آت : الطفرة المرادفة T8782C والطفرة غير المترادفة C28144T. فيما يتعلق بطول الفرع الطافر ، النوع B ملحوظ: على الرغم من الأجداد النوع B يحتكره شرق آسيا (26/26) ، لكن تمتلك الجينومات من النوع B خارج آسيا طفرات (19/19) .
الفرق بين النوع C ونوعه B هو الطفرة غير المسمى G26144T. في مجموعة البيانات ، هذا هو النوع الأوروبي الرئيسي (n = 11) ويمثل في فرنسا وإيطاليا والسويد والمملكة المتحدة ، وكذلك كاليفورنيا والبرازيل. لا يوجد في عينة من البر الرئيسي للصين ، لكنها واضحة في سنغافورة (ن = 5) ، وتوجد أيضًا في هونغ كونغ وتايوان وكوريا الجنوبية.
شبكة وراثية من الجينومات 160 SARS-CoV-2
يقع الفيروس التاجي الجديد الذي يحمله المرضى البرازيليون في المجموعة C من الشبكة الوراثية
يقع الفيروس التاجي الجديد الذي يحمله المرضى في أونتاريو في المجموعة ب من شبكة التطور الوراثي
يقع الفيروس التاجي الجديد الذي يحمله المرضى المكسيكيون في المجموعة ب من شبكة التطور الوراثي
ومع ذلك ، قال الباحثون أيضًا إنه نظرًا لصغر حجم العينة للدراسة ، فإنه ليس من الممكن بعد تحديد ما إذا كانت نتائج الدراسة عالمية. في الوقت الحاضر ، قام فريق البحث بتوسيع التحليل ليشمل 1،001 جينوم فيروسي. يعتقد فورستر أن أحدث الأبحاث تظهر ذلك قد تحدث العدوى الأولى وانتشار COVID-19 في البشر بين منتصف سبتمبر وأوائل ديسمبر.
عنوان ورقة PNAS: https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117
