المصدر: تقريبا الإنسان

هذه المقالة حول 2235 كلمات اقترح القراءة 6 دقائق.

توضح هذه المقالة 2019 التاجى رواية عن بروتين تناظر نتائج النمذجة الرئيسية والطرق نتائج البحوث من قبل المؤسسات هواوي الموجهة سحابة الطبية الحيوية البحوث والانفتاح وتعزيز التنمية من الأدوية المضادة للفيروسات.

حتى الآن، وقد تسبب عدد من المرضى الذين شخصت إصابتهم عدوى الفيروس التاجى رواية أكثر من 30000. كحلقة رئيسية في الوقاية من الأوبئة والسيطرة، والبحوث وتطوير عقاقير جديدة لعلاج الالتهاب الرئوي تاج أعراض يؤثر قلوب كثير من الناس. مؤخرا، قام فريق مشترك من جامعة هواتشونغ للعلوم والتكنولوجيا، جامعة شيان جياوتونغ، هواوي سحابة والعديد من المؤسسات الأخرى نشر التاجى رواية 2019 عن التماثل بروتين رئيسي النمذجة النتائج وأساليب نتائج البحوث التي كتبها هواوي سحابة مفتوحة للمؤسسات البحوث الطبية الحيوية، والطاقة تطوير المضادة للفيروسات.

دخلت المعركة ضد السارس مرحلة حاسمة، من جهة، والوقاية والعلاج لا يزال معظم العمل الهام، من ناحية أخرى، ومؤسسات البحوث والشركات ذات الصلة كما تسعى بنشاط أكثر من العقاقير يمكن استخدامها لعلاج الأعراض. وقد بدأ عدد من البحوث التاجى الرواية، ولكن لأنواع أخرى من الأمراض، والبحث والتطوير والتجارب السريرية للأدوية المضادة للفيروسات ومقارنة أكثر صعوبة، ونحن لم يتم العثور حتى الآن علاج واضح وفعال لالتاجى الرواية.

من كلية الأساسية تونغجى الطبية، جامعة هواتشونغ للعلوم والتكنولوجيا، ووهان للأطفال مستشفى تابع لكلية تونغجى الطبية، جامعة هواتشونغ للعلوم والتكنولوجيا، مستشفى تابع الأولى من جامعة شيان جياوتونغ، أكاديمية الصينية للعلوم معهد بكين للجينوم، شكلت هواوي سحابة فريق بحث مشترك، لعدد من البروتينات المستهدفة 2019 التاجى الرواية، والمدرجة في 8506 أنواع من الأدوية أو تمر التجارب السريرية التي أجريت في نطاق واسع جدا فحص المخدرات بمساعدة الحاسوب لقد حققنا الآن نتائج المرحلة الأولى.

فحص من أصل خمسة الأدوية المضادة للفيروسات فعالة ممكنة لالتاجى رواية 2019 (2019-نشوف)، وBeclabuvir، ساكوينافير (ساكوينافير)، Bitelawei (Bictegravir)، وبينافير (وبينافير)، رالتغرافير متعددة (دولوتغرافير).

هذه المادة سوف جميع الطرق الرئيسية النمذجة البروتين التماثل ونتائج الدراسة 2019 التاجى رواية بالتفصيل.

إلى السارس COV بنية البروتين كقالب لبناء 2019-نشوف بنية البروتين ثلاثي الأبعاد

البروتين تناظر النمذجة بروتين يشير إلى بروتين بنية غير معروف عندما يعرف هيكل وعلى التسلسل الزمني مقارنة مماثل، يمكن استخدام البروتين قالب من هيكل معروف، وتحسب عن طريق المحاكاة كمبيوتر يستند إلى بنية البروتينات غير معروفة في التنبؤ هيكل ثلاثي الأبعاد.

تناظر النمذجة على أساس افتراضين: 1. هيكل من البروتين من تسلسل الأحماض الأمينية في تحديد فريد، إذا كان تسلسل معروفة، ويمكن الحصول على هيكل الثانوي والعالي هيكل من الناحية النظرية. 2. في بنية التعليم العالي من تسلسل تطور البروتين بالمقارنة مع أكثر واحد المحافظ. إذا كان الأمينية تسلسل الحمض من البروتينات هما 50 متطابقة، ثم الموقف من حوالي 90 من ذرات الكربون في أ الانحراف أقل من 3 .

وبالنظر إلى 2019، نشوف والسارس COV هي مشابهة جدا، الأحماض الأمينية هوية تسلسل وصلت 76.47. في الوقت نفسه، إلى حد كبير تم تحليل البنية الثلاثية الأبعاد للبروتين من السارس COV، لذلك هذه بنية البروتين الباحثين المعروفين كقالب، شيدت من 2019-نشوف بنية البروتين.

البيانات وطرق

2019-نشوف استخراج تسلسل البروتين

تسلسل تسلسل الجينوم من 2019-نشوف كشف مع الإشارة إلى NCBI: NC_045512.2. منذ حذف بيانات الجينوم الشرح، سلسلة لا يمكن الحصول عليها مباشرة البروتينات جميع معالمه. الباحثون منها السارس COV بروتين تسلسل المقابلة لجينوم 2019-نشوف اختيار أفضل مباراة محاذاة المنطقة، وسلسلة من البروتين المقابلة ل2019-نشوف المحاذاة. وبهذه الطريقة، أي ما مجموعه 20 متواليات الحصول على 2019-نشوف البروتينات، بما في ذلك البروتينات غير الهيكلية 16 (NSP1-16) وأربعة البروتينات الهيكلية (S، M، N، E).

النمذجة التماثل: النموذج السويسري

السويسري نموذج البروتين الآلي أدوات النمذجة التماثل، واستخدام عملية تتطلب من المستخدم إدخال تسلسل البروتين، البروتين إشارة قد يحدد القالب، في ظل عدم وجود قالب محدد، يقوم النظام تلقائيا باختيار أعلى درجة من قالب مطابق.

• الخطوة 1: مساهمة بروتين تسلسل

في البيت السويسري طراز (https://swissmodel.expasy.org/) اضغط على "النمذجة البداية" وتحميل تسلسل FASTA من البروتين. انقر على "البحث بالنسبة لقوالب" البدء في البحث عن أفضل البروتينات القالب.

• الخطوة 2: حدد البروتينات قالب المناسبة

ستعطى السويسري طراز من سلسلة من مطابقة البروتين القوالب، والمعلمات قالب مطابق والبروتين البروتين لكل قالب، واختيار القالب الأمثل لنمذجة البروتين التماثل على أساس المعايير التالية:

•  بروتين وتسلسل الأساسي البروتين متطلبات قالب التوافق: الهوية > 30، وأعلى من البروتينات قالب الهوية تفضيل.
•  تفضيل قالب السارس COV لنمذجة البروتين التماثل.
•  عند مقارنة هوية مماثلة، وتفضيل هيكل قالب الكريستال التي شيدت من قبل عالية الدقة طريقة أشعة X، وإذا لم يكن هناك أشعة X، واحتياجات أشر إلى نظرة إلى بنية البروتين قرار PDB، اختار يفضل من عالية الدقة.
•  إذا كان هناك جزئية الدولة هومو وheter، يجب عليك اختيار اثنين.

• الخطوة 3: النمذجة تناظر

بعد البروتين قالب جيدة اختيار أفضل "نماذج البناء" انقر على الصفحة، يمكنك أن تفعل تلقائيا النمذجة التماثل؛ لتسلسل البروتين قصيرة نسبيا ( < 100 المخلفات)، والعملية تستغرق عادة بضع دقائق، لسلسلة البروتين طويلة نسبيا ( > نماذج تحليل لاحقة كاملة، هيكل ثلاثي الأبعاد للبروتينات ويمكن تحميلها مباشرة قوالب للبروتين، 1000 المخلفات)، والعملية تستغرق عادة حوالي عشرين دقيقة.

• الخطوة 4: الجزيئية ديناميات المحاكاة

يمكن استخدام البروتين هيكل النمذجة التماثل للحصول على جزيئية حيوية (جزيئية حيوية) المحاكاة. ويمكن تحقيق الجزيئية ديناميات المحاكاة GROMACS أدوات أخرى، هذه الخطوة عادة ما تستغرق وقتا طويلا. توفر منصة سحابة هواوي الطبي وكيل تسارع نسخة من GROMACS، الساعة GROMACS الاستهلاك المتسارع من النسخة التقليدية من 1/6.

نتائج النمذجة الإحصائية

20 لتسلسل 2019-نشوف من البروتين، وهناك 15 البروتين والبروتينات السارس COV يكون التماثل مرتفعة نسبيا، والهوية > 70، البروتين بعد مرورها من خلال أدوات التصوير ثلاثي الأبعاد، ويمكن أيضا أن ينظر الفضاء ثلاثي الأبعاد، والتشكل من هذه البروتينات هو يشبه إلى حد كبير البروتين القالب.

بروتين التي لديها، NSP4، لا خير في البروتينات مثلي في السارس COV، وعلى غرار الماوس فيروس التهاب الكبد A59، التي الهوية > 60؛

مزيد من النمذجة التماثل من تأثير أربعة بروتينات ليست جيدة جدا، والتي NSP2، NSP6 وM ليست كذلك الأجسام قالب، وأفضل تسلسل البروتين الهوية المباراة <  30، وليس نتائج النمذجة المثلى، والبروتين نفسه طول NSP11 سوى 11 المخلفات في طول هي قصيرة جدا، لا يلبي متطلبات النمذجة.

طول المعلمة، حدد نماذج البروتين قالب والتماثل البروتين من الانتهاء في الجدول التالي للرجوع اليها:

تصور البيانات و

تم حفظ بروتين قالب النمذجة التماثل وما نتج عن ذلك 2019-نشوف الهياكل بروتين ثلاثية الأبعاد في شكل PDB، سحابة منصة الكمبيوتر المحمول أداة طبية وكيل هواوي وقد بنيت الإضافية وأدوات التصور المطلوب، يمكن للمستخدم سحب وعرض تفاعلية هيكل ثلاثي الأبعاد للبروتين من الفائدة.

يشار إلى البيانات الواردة أعلاه، والخوارزميات والأدوات، التي تتكامل الآن في منصة سحابة هواوي عن وكيل الطبي. وفي الوقت نفسه، يجري أيضا فحص فريق البحث المشترك من خمسة الأدوية المضادة للفيروسات للتحقق الخلوي، وتعزيز سلسلة من المحاكمات المتابعة السريرية للأدوية.

الروابط المرجعي:

https://bbs.huaweicloud.com/blogs/145316

https://bbs.huaweicloud.com/blogs/144950

- انتهى -

تسينغهوا الانتباه - بيانات أكاديمية تشينغداو للعلوم قناة الصغرى الرسمية منصة الجمهور " بيانات الإرسال THU  "أيتها الأخوات ولا". إرسال البيانات THU  "لرعاية المزيد من المحاضرات ونوعية المحتوى.